Разработанная программа дает возможность оперативно анализировать метагеном человекаСотрудники Санкт-Петербургского национального исследовательского университета информационных технологий, механики и оптики (ИТМО), Федерального научно-клинического центра (ФНКЦ) физико-химической медицины и Московского физико-технического института (МФТИ) разработали программу, которая позволяет подбирать индивидуальные методы лечения в зависимости от метагенома организма.
В качестве основного инструмента исследователи использовали компьютерный алгоритм, который получил название MetaFast. Благодаря этой разработке стало возможным считывать и распознавать метагеном объекта и выстраивать для него определенные персонализированные методы лечения, а также исследовать ранее неизвестные организмы.
Программный инструмент под названием MetaFast, разработанный учеными, позволяет провести быстрый сравнительный анализ большого количества метагеномов.Например, сравнив при помощи алгоритма микрофлору здорового человека с микрофлорой больного, можно быстро выявить ранее неизвестные патогенные организмы, а также их штаммы, что поможет в разработке средств персонализированной медицины.
Разработанный подход позволяет сделать сразу две вещи: найти все возможные генетические последовательности, даже если о них не было известно до этого (программа собирает их из кусочков геномных прочтений), и одновременно выделить метагеномные закономерности, которые отличают одних пациентов от других.
С помощью программы можно проводить нецелевой экспресс-анализ маркеров, указывающих на наличие каких-либо заболеваний. Затем, используя целевые методики, такие как ПЦР (полимеразная цепная реакция — способ многократного копирования фрагментов ДНК), подтверждать и корректировать результаты. По словам ученых, программа потенциально способна сократить сроки создания новых лекарств в несколько раз. Подробнее здесь
